OPTIMASI VARIASI VOLTASE DAN WAKTU TERHADAP KUALITAS PITA DNA ESCHERICHIA COLI PADA PROSES ELEKTROFORESIS GEL AGAROSA

Abstrak

Escherichia coli termasuk salah satu penyebab penyakit yang berasosiasi dengan pangan (foodborne illness). PCR konvensional yaitu metode PCR yang dilakukan secara kualitatif dengan dilanjutkan visualisasi pada agar elektroforesis. Elektroforesis gel agarosa merupakan teknik yang sering digunakan dalam berbagai bidang ilmu untuk memisahkan suatu campuran DNA pada substrat agarosa. Metode ini digunakan untuk melakukan analisis kualitatif terhadap sampel DNA. Pada elektroforesis terdapat faktor yang mempengaruhi pergerakan molekul DNA salah satunya yaitu voltase. Selain itu lama waktu proses elektroforesis juga dapat memengaruhi efektivitas hasil dan laju migrasinya. Ketika waktu proses elektroforesis singkat, fragmen DNA yang berukuran besar masih cenderung melekat.  Oleh karena itu, perlu keseimbangan antara tegangan listrik dan waktu yang diberikan untuk mendapatkan hasil pita DNA yang baik. Unit penelitian yang akan digunakan yaitu hasil amplifikasi DNA gen 16SrRNA Escherichia coli yang berukuran 584 bp. Proses elektroforesis dilakukan dengan variasi voltase 50, 100, 150 volt dan variasi waktu 30, 45, 60 menit. Pengamatan hasil elektroforesis yang telah membentuk pita DNA akan diukur luas area pita DNA mengunakan aplikasi ImageJ. Berdasarkan hasil penelitian disimpulkan bahwa: Voltase yang optimum pada proses elektroforesis dalam mendapatkan pita DNA E.coli yang baik yaitu pada tegangan 150 volt. Waktu yang optimum pada proses elektroforesis dalam mendapatkan pita DNA E.coli yang baik yaitu selama 30 menit.