OPTIMASI VARIASI KONSENTRASI AGAROSE DAN WAKTU ELEKTROFORESIS TERHADAP KUALITAS PITA DNA Mycobacterium tuberculosis RESISTAN ISONIAZID

Abstract

Mycobacterium tuberculosis resistan isoniazid (INH) terjadi akibat mutasi gen dimana sebagian besar terjadi pada gen katG. Pada penelitian ini digunakan sampel dengan primer untuk mendeteksi mutasi gen katG untuk MRD TB pada kodon 315 dan 463 dengan panjang produk primer yang bervariasi diantaranya 101 bp (untuk mutasi S315T), 141 bp (mutasi S315N), 200 bp (mutasi S315I), 247 bp (mutasi S315R), 290 bp (mutasi S315G), dan 400 bp (mutasi R463L). Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui konsentrasi dan lama waktu elektroforesis Mycobacterium tuberculosis resistan isoniazid (INH) pada gel agarose gel agarose yang optimum. Jenis penelitian yang digunakan adalah eksperimen mengenai perbandingan variasi konsentrasi agarose 1%, 1,5% dan 2% terhadap variasi lama waktu elektroforesis pada 30 menit, 45 menit dan 60 menit. Analisa pita DNA hasil elektroforesis menggunakan aplikasi imageJ. Pada penelitian ini sampel yang digunakan adalah pull DNA Mycobacterium tuberculosis resistan isoniazid hasil produk real time PCR. Hasil penelitian menunjukkan bahwa pita DNA Mycobacterium tuberculosis resistan isoniazid (INH) gen katG untuk MRD TB pada kodon 315 dengan ukuran produk 101 bp S315T, 141 bp S315N, 200 bp S315I, dan 290 bp S315G diperoleh optimal pada konsentrasi agarose 2% dan waktu elektroforesis selama 45 menit. Pita DNA Mycobacterium tuberculosis resistan isoniazid (INH) gen katG untuk MRD TB pada kodon 315 dengan ukuran produk 247 bp S315R dan gen katG untuk MRD TB pada kodon 463, ukuran 400 bp R463L optimal pada konsentrasi agarose 2% dengan waktu elektroforsis selama 60 menit.